Las máquinas avanzan imparables hacia Zion en su afán por destruir a toda la humanidad y todas las naves se preparan para la dura batalla. Neo junto con Morfeo y Trinity buscan el camino del elegido dentro de Matrix para vencer a las máquinas y se encuentran con dificultades inesperadas: el agente Smith ha vuelto y no sólo eso, otros programas dentro de Matrix intentarán acabar con su misión. Mientras tanto Neo se tendrá que adaptar a la vida real y a la fama de ser el elegido.

Quedan veinte horas para la irrupción de las máquinas en Sión, el último bastión de los humanos libres. Mientras el cuerpo de Neo permanece en coma, su consciencia se encuentra en tierra de nadie, en un lugar entre el mundo humano y el de las máquinas.

El agente de información Kaye ayuda al equipo de Hawai a capturar Wo-Fat, pero antes de que puedan actuar Danny queda expuesto a una sustancia química letal.

McGarrett y su equipo se acercan al criminal más temido, Wo Fat toma represalias contra el equipo de Hawai y sin la ayuda del gobernador el enfrentamiento entre McGarrett y Wo Fat podría significar el final de Hawai.

Patrick Jane finalmente se encuentra cara a cara con Red John, el asesino en serie que ha perseguido desde que el demente asesinó a su esposa e hija. Durante 10 años, Jane ha perseguido tenazmente a su enemigo en su búsqueda de justicia.

Dos años después que el caso Red John se cerrara, Jane recibe una sorprendente oferta de trabajo que podría cambiar su vida.

Jane prepara a sus colegas en una peligrosa operación para atrapar a un mortal equipo de ladrones de arte. Mientras tanto, pasan cosas entre Lisbon y un agente del equipo de arte del FBI.

Jane y el FBI toman un caso de pena de muerte de un prisionero que tiene dos días para demostrar su inocencia antes de que se aplique su sentencia.

La tienda de cómics de Sheldon experimenta cambios cuando el escritor Neil Graham pone la tienda de Stuart en el mapa. Además, Koothrappali se lleva todo el crédito por el descubrimiento astronómico realizado por Penny y las amistades del grupo se ven amenazadas.

Sheldon va a Las Vegas para ganar dinero para la ciencia. Además, Penny y Bernadette lleva a Amy a comprar el vestido de novia, pero su terrible elección las enreda en una telaraña de mentiras.

Sheldon y Leonard hacen un viaje por carretera en busca de un invitado de boda un tanto reacio.

Todo el mundo está concentrado para que la boda salga según el plan... Todos menos la novia y el novio.

La luna de miel de Sheldon y Amy hace parada en Nueva York.

Penny y Bernadette acuden a San Diego para una convención de ventas de productos farmacéuticos y Howard queda a cargo de la familia. Por su parte, Sheldon encuentra un libro sobre experimentos infantiles. Este descubrimiento anima a los chicos y a Amy a jugar y ponerlo en práctica con los hijos de Bernadette y Wolowitz durante el fin de semana.

Sheldon y Amy siguen luchando por el reconocimiento de su teoría. Mientras Bernardette quiere escribir un libro para niños sobre el viaje de Hardard.

La presión como mujer que supondría ganar un Premio Nobel hace que Amy tenga una crisis. Mientras, Raj y Wolowitz intentan revivir viejos tiempos.

A Koothrappali le preocupa que no lo tomen en serio después de publicar un artículo sugiriendo haber descubierto vida extraterrestre.

Kripke tiene pruebas de que el Dr. Pemberton plagió su tesis en la universidad, Sheldon y Amy no están seguros de sí deberían entregarlo o no.

Después de perder a su mujer hace siete años, el excéntrico Dr. John Dolittle , un reputado doctor y veterinario, se encerró en sí mismo tras los muros de su mansión con la única compañía de su colección de animales exóticos. Pero cuando la joven reina cae gravemente enferma, Dolittle tendrá que dejar, muy a su pesar, su vida de ermitaño para embarcarse en una épica aventura a una mítica isla en busca de una cura, recuperando su sentido del humor y su coraje a medida que se cruza con viejos adversarios y mientras descubre maravillosas criaturas.

Tras el asesinato de un inversionista de Wall Street, el equipo descubre una red de información con métodos poco convencionales.

Mientras que el equipo investiga el asesinato de un directivo de una empresa tecnológica, OA tiene que tomar una difícil decisión.

Un nuevo miembro se incorpora al equipo de Hawai 5.0: Lori Weston (interpretada por Lauren German). El equipo de investigadores tendrá que enfrentarse en esta ocasión al secuestro de una adolescente por parte de unos desconocidos. Aunque en un primer momento los motivos parecen económicos, la causa real es mucho más compleja y oscura. Mientras Kono tendrá que enfrentarse a la investigación por parte de asuntos internos que determinará su futuro en el cuerpo de policía. El episodio cuenta con la participación de numerosos rostros populares: Bruce Davison (actor nominado al Oscar como mejor intérprete de reparto por Compañeros inseparables y que ha participado en títulos tan populares como X-Men) o Tom Sizemore (actor de reparto al que hemos podido ver en títulos como Salvar al soldado Ryan o Black Hawk derribado).

Una pareja que está realizando un documental en Halloween en un cementerio tradicional de Hawai son asesinados de manera brutal. El equipo protagonista comienza a investigarlo. Sin embargo, la aparición de nuevos restos humanos en el cementerio les hace sospechar de la posibilidad de que se estén enfrentando a un asesino en serie. El episodio cuenta con la dirección del veterano Joe Dante, realizador de títulos tan importantes como Piraña (la original), Aullidos, Exploradores y, sobre todo, Gremlins. Además, entre sus actores invitados se encuentra el popular Robert Englund, mítico actor de numerosas cintas de terror, que alcanzó la fama mundial gracias a su encarnación del asesino en serie Freddy Krueger en la saga Pesadilla en Elm Street.

El equipo de Hawai 5.0 investiga el accidente de una avioneta en el océano, en el que ha fallecido una agente de aduanas. La investigación da un giro sorprendente cuando la autopsia verifica que la fallecida había muerto antes de que se estrellase la avioneta, algo sorprendente al no haber ninguna otra persona en el interior de la misma. El episodio cuenta con la participación especial de Greg Grundberg (actor popular por su participación en la serie Héroes). Como curiosidad, vuelve a coincidir en pantalla con Masi Oka – que también trabajó en la serie de superhéroes – y que ahora es un personaje recurrente en Hawai 5.0

Ahora que se recupera de una herida de bala y siente los efectos de la edad, John y el equipo dan la bienvenida a dos nuevos novatos y continúan la caza de dos peligrosos reclusos con venganzas muy personales tras su fuga de la cárcel.

Al equipo se le encomienda la tarea de vigilar la comunidad mientras da caza a un justiciero local. Mientras tanto, los instintos de Celina se ponen a prueba, y Tim y Lucy unen fuerzas para descubrir secretos sobre los dos nuevos novatos.

Antes del regreso de Bailey a casa, John busca pistas para localizar a Jason Wyler. Tim y Lucy intercambian novatos, una cara amiga reaparece en la comisaría y Wesley se siente inquieto por Angela.

Tras su paso por la policía de Los Ángeles, Wesley regresa a la oficina del fiscal del distrito, donde su pasado le conecta con la investigación del equipo. Mientras tanto, Bailey y John tienen sentimientos encontrados sobre la seguridad, mientras que Lucy empieza a sospechar de Seth.

El equipo busca a un asesino en serie mientras Nyla lucha con las secuelas tras el ataque. La relación de Lucy con Seth da un giro, mientras que Bailey lucha contra su miedo a Jason Wyler.